В составе ФГБУЗ ЦГиЭ № 15 ФМБА России имеется ряд лабораторий и отделов. На базе учреждения действует единственная в городе бактериологическая лаборатория, которая проводит широкий спектр клинико-диагностических и санитарно-бактериологических исследований. Также в Центре имеется отдел обеспечения госсанэпиднадзора, занимающийся контролем условий труда на объекте ФГУП «РФЯЦ-ВНИИТФ им.академ. Е.И. Забабахина» и городских предприятиях. Специалисты санитарно-гигиенического отдела совместно со специалистами Межрегионального управления № 15 ФМБА России контролирует выполнение санитарных требований в школах, детских садах, больницах, парикмахерских, заведениях общепита. Экспертные проверки необходимы при лицензировании фармацевтического, медицинского, образовательного видов деятельности и при работе с источниками ионизирующего излучения. Еще одно отделение — эпидемиологическое — занимается расследованием очагов инфекционных заболевай и организацией проведения в них противоэпидемических мероприятий, обследованиями населения города при эпидемиологической заболеваемости и обработкой инфекционных очагов. Работу всех отделов обеспечивают две лаборатории: бактериологическая лаборатория с паразитологическим отделением и санитарно-гигиеническая лаборатория.